Yüzde 10’luk kısmını ise beyin tümörleri, damar hastalıkları, enfeksiyonlar, yoksunluk durumları ve birtakım ilaçların kullanımı oluşturuyor. Bunun yanı sıra göz, kulak ve başta bulunan diğer organların yansımaları da baş ağrısına neden olabilir. Ani baş ağrılarına bulantı, kusma, kolda bacakta kuvvet kaybı ve bayılma gibi belirtiler eşlik ediyorsa bunun ciddi bir hastalığın habercisi olabilir. İşte ciddiye alınması gereken 9 sinyal:

1 dakika içinde en yüksek şiddetine ulaşan ağrı İlk kez, çok şiddetli ve yaklaşık 1 dakika içinde en yüksek şiddetine ulaşan baş ağrısı subaraknoid kanamanın habercisi olabilir. Subaraknoid kanama, beyin damar duvarlarındaki anomaliden kaynaklanan balonlaşma şeklinde tarif edilebilecek anevrizmaların yırtılması nedeniyle oluşur. Baş ağrısı bazı hastalar tarafından ''başımın içinde bir şey patladı'' şeklinde de ifade edilebilir. Yakınması olmayan hastada ani ve şiddetli baş ağrısı ile birlikte bilinç değişiklikleri, uyku hali, bulantı, kusma, ışık hassasiyeti, epilepsi (sara) nöbetleri gözlenebilir. Hastaların yaklaşık dörtte biri ilk 24 saat içinde kaybedilir. Bu nedenle hastanın acil olarak hastaneye ulaştırılması gerekir. Giderek şiddetlenen ve geçmeyen ağrı Baş ağrısı sık görülüyorsa ve eğer gittikçe artıyorsa mutlaka önemsenmelidir. Sigara içen ve doğum kontrol hapı kullanan genç bir kadında şiddeti gittikçe artan baş ağrısı, beyin venlerinde pıhtılaşma sonucu oluşan "serebral sinüs trombozu" gibi hızla tedaviye başlanması gereken bir hastalığın işareti olabilir.

Hapşırma, ıkınma, cinsel aktiviteyle ortaya çıkan ağrı Egzersiz, hapşırmak veya ıkınmak gibi kafa içi basıncının artması nedeniyle baş ağrısı oluşması, kafa içinde yer kaplayan bir oluşum düşündürebilir. Beyin tümörleri, anevrizmalar bu tip baş ağrısına neden olabileceği gibi, genç-orta yaş şişman kadınlarda daha sık gözlenen, beyin omurilik sıvısının basıncının artmasının neden olduğu "psödotümör serebri" hastalığı da buna neden olabilir. Kafa travması sonrası ortaya çıkan baş ağrısı Özellikle trafik kazaları gibi şiddetli kafa travmalarından sonra kafa kemiklerinde kırıklar, beyin dokusunda ya da beyin zarları arasında kanamalar oluşabilir. Nadiren de olsa beyin zarları arasında sızıntı şeklindeki kanamalar başlangıçta bulgu vermeyebilir. Travmadan günler, hatta aylar sonra baş ağrısı ve denge bozukluğu gibi bulgularla ortaya çıkabilir.

Güçsüzlük, görme ve konuşma güçlüğü ile birlikte ağrı Kol ve bacakta uyuşma, güçsüzlük, görme bozukluğu, konuşma güçlüğü gibi nörolojik işaretlerin baş ağrısı ile görülmesi beyin dokusunda sorun olduğunu bildirir. Bu hastalıklara ek olarak örneğin inme hastalarının yüzde 10'unda inme öncesinde baş ağrısı görülebilir. Tedaviye rağmen düzelmeyen baş ağrıları Tedaviye rağmen düzelmeyen dirençli baş ağrıları kafa içinde yer kaplayan lezyonlar, tümör, kafa içi basınç artışı, merkezi sinir sistemi enfeksiyonları gibi beyinde yapısal olarak değişiklik ve iritasyon yapan pek çok hastalığın belirtisi olabilir.